Los diferentes acontecimientos que a lo largo del tiempo jalonan la trayectoria histórica de la Cofradía de Jesús a su Entrada en Jerusalén ("La Pollinica"), están salpicados de una transitoriedad justificada. La efímera vida del grupo de cofrades pollinicos durante el Barroco se debió a que la primitiva corporación no se constituyó en Hermandad de iure hasta finales del siglo XVIII.

Hasta entonces, la imagen de Jesús montado sobre un pollino, que celosamente guardaban en la clausura del cenobio sus propietarias, las Religiosas Recoletas Bernardas de la Abadía cisterciense de Santa Ana, se venía procesionando regularmente sin que -aún hoy- se tenga constancia documental del inicio de tales prácticas. No obstante, conocemos cómo en 1764, las religiosas oficializan la cesión de la venerada imagen a Juan Swerts, Regidor perpetuo de esta Ciudad, para que la procesionase bajo su patronazgo el Miércoles Santo de cada año, desde la parroquial del Señor San Juan y, acabada ésta, regresarla al Convento. A su vez Juan Swerts,

 miembro de una influyente familia nobiliaria, era patrono de la Cofradía de Jesús Orando en el Huerto que radicaba en San Luís el Real, Casa Grande franciscana, desde su fundación (hacia 1756). Razón por la que esta Corporación se hacía cargo de "la soberana imagen de Ntro. Padre Jesús representando la entrada en Jerusalén",integrándola en un colorista cortejo en el que destacaba el tramo que precedía al paso, formado por niños hebreos y judíos que escenificaban, bajo una teatral e ingenua atmósfera, la multitudinaria entrada de Jesús en Jerusalén. El día 10 de junio de 1772 la Hermandad de Jesús de la Puente del Cedrón, ubicada en el indicado templo parroquial de San Juan y dependiente de la Cofradía de Azotes y Columna, admite en su seno al grupo de fieles pollinicos, los cuales se acogen al sistema de hermandades filiales tan empleado por otras corporaciones penitenciales en la época, manteniendo el cortejo las pautas escénicas anteriormente descritas, pero incluyéndose en el hábito de los participantes el emblema de la Cofradía matriz, vinculación que se extendió hasta 1831.

No obstante, la imagen de Jesús a su entrada en Jerusalén se procesionaría de forma intermitente hasta 1921 año en el que, ante el grave deterioro que sufre, las religiosas del Cister rescinden el tradicional préstamo, ignorándose el actual paradero del grupo. Tales efigies, atribuidas por la leyenda popular a las manos de las hijas de Pedro de Mena, Andrea de la Encarnación y Claudia de la Asunción, y actualmente datada por la crítica especializada en la mediación del siglo XVII, representaba a Cristo, bendiciendo, montado sobre un asno, tocado con cabellera de pelo natural y revestido con túnica bordada, y acompañado por otra pollina de menor tamaño y de gracioso porte, que vino a dar la acuñación popular al paso representado: "La Pollinica".

Desvinculada de la Cofradía de la Puente, en 1911, el Párroco del Sagrario y Capellán del Cister, D. José Soriano Jiménez, organizó nuevamente el cortejo de 'La Pollinica' con la ayuda de algunos industriales malagueños. Haciéndolo, a partir de 1917 el padre Salvador Ponce, S.J. Director de la Congregación de la Inmaculada y San Estanislao de Kostka, contando con una notable colaboración de jóvenes. Hasta 1921 -año en que se funda la Agrupación de Cofradías, siendo 'La Pollinica' una de las corporaciones firmantes del acta constitutiva-, se procesionó el legendario grupo, sustituido en 1922 por una imagen seriada de los talleres gerundenses de Ventolá Plana. Y, por Decreto del Excmo. y Rvdmo. Sr. Obispo de Málaga, Beato D. Manuel González y García, de 12 de noviembre de este mismo año, fueron aprobados sus Estatutos y la Hermandad quedó canónicamente erigida como corporación independiente en la Iglesia Parroquial del Sagrario de la S.I.C.B., siendo su primer Hermano Mayor D. Francisco Triviño Salmerón.

Seis años más tarde, por Real Orden de 24 de febrero de 1928, S.M. El Rey, D. Alfonso XIII, concedió a la Hermandad el título de Real. Y, con fecha 22 de noviembre de 1930, se reformaron los Estatutos, intitulándose desde entonces como se denomina en la actualidad: Real Cofradía de Nuestro Padre Jesús a su entrada en Jerusalén y María Santísima del Amparo. Pero, desgraciadamente, el estallido de la Guerra Civil produjo estragos irreparables en el seno de la institución, perdiéndose, entre otras cosas, la imagen titular. En la posguerra, la Cofradía se reorganiza y se encarga otra efigie del Señor al imaginero José Martín Simón, que se bendijo en 1939. Mas la escasa calidad artística de la misma, unida a la no ejecución de una segunda pollina, motivó que se replantease de nuevo el encargo de otra talla al artista cordobés Juan Martínez Cerrillo, quien a su vez ejecutaría las restantes imágenes del Misterio (1943-1944).

En 1945 la Cofradía fijó su establecimiento canónico en la Iglesia Parroquial de la Santa Cruz y San Felipe Neri, y dos años más tarde se bendijo la imagen de María Santísima del Amparo, gubiada por el cordobés Antonio Castillo Ariza, supliendo así la falta de una titular mariana. En los años posteriores la Cofradía fue incrementando su patrimonio artístico y devocional, codificándose el modelo de corporación pasionista con un marcado carácter jovial e infantil, lo cual se materializa en la anual procesión de la Dominica de Ramos donde un cortejo de niños ataviados a la usanza hebrea, portan palmas, precediendo al Misterio de Jesús a su Entrada en Jerusalén, al que sigue su Madre del Amparo.

En 1981 la Corporación volvió a cambiar de sede, trasladándose la Cofradía a la Iglesia de San Agustín, según Decreto del Excmo. y Rvdmo. Sr. Obispo, Monseñor Ramón Buxarrais Ventura, de 13 de Marzo.

En base a diversas diferencias existentes en el seno de la hermandad el 19 de Octubre de 2002 el Excmo. Rvdmo. Sr. Obispo de la Diócesis D. Antonio Dorado Soto emitió un decreto encomendando la dirección de la Cofradía al Ilmo. Sr. D. José Antonio Sánchez Herrera como Delegado Episcopal. Dicho decreto fue ratificado por otro decreto del Excmo. Rvdmo. Sr. Obispo de 6 de Noviembre de 2000 y a su vez confirmado por el Consejo Pontificio para los Laicos de la Santa Sede en edicto de 2 de Abril de 2001.